разницы не нашёл, ставил на одном станке из доступных прошивок 3, 4 , и 4+.

Версию выбирайте ту, с которой станок с завода поставляется/поставлялся.

так на 16Б16 3-я ставилась

на 16А20 4-я или 4 расширенная, если нужно параметрическое программирование использовать при работе программ, использовать ИК и т.п.

Стабильность работы  больше зависит от состояния электроавтоматики станка, разъёмов, датчиков и т.п.