Здравствуйте. Поскольку на днях запустил два станка 16А20Ф3С15 (изначально стояло УЧПУ "Электроника МС2101 (НЦ-80)), позволю себе вставить 5 копеек :-)
Используемая прошивка МС2109 версия 2 4.25 кажется.

Конфигурация - у Вас все правильно: параметр Х = 5, Z - не важен, F = 4 если используете новый блок питания.

Очистите ОЗУ
Высветит 241 (испорчен массив параметров)
Перезагрузите
Высветит 7 71 (нет Готовности Станка)
Включите привода

Введите следующие параметры (можно без ключа М6)

N7G1 - если не используете пиноль (по умолчаию 0)
N8G1 - если не используете патрон с электрозажимом (по умолчанию 0). Без этой блокировки и отсутствии сигналов зажим патрона и зажим пиноли шпиндель не включить.

Для пробного пуска установите скорости быстрых перемещений
в ручных и автоматических режимах 100, после проверки работоспособности установите привычные для Вас скорости.
N2P100
N3P100
N4P100
N5P100

Этого достаточно для пуска станка.

Если при движении ось "несет" проверьте в тесте видит ли ЧПУ датчик, если видит, то измените фазировку (поменяйте местами сигнал sin и /sin например). Если не видит все датчики, то проверьте поставили ли Вы перемычки в УЧПУ в случае если у Вас 5В датчики.
Если все правильно, а один датчик все-же не видит попробуйте его заменить, у нас был такой вариант, что старая ЧПУ с трудом, но видела датчик (т.е. ось работала но с потерей импульсов), а НЦ31-48/32, вообще его не увидела. При просмотре сигналов осциллографом появился вопрос как такие импульсы вообще могли считаться какой бы то ни было ЧПУ. Замена датчика исправила проблему.

И еще, нам не подошли параметры по мануалу для работы с штурвалом и для нарезания резьбы.

Штурвал 100импульсов на оборот, датчик резьбонарезания 1024 импульса на оборот.

Для ввода данных параметров нужно вводить ключ М6

Для соответствия у штурвала 1 шелчок = 1 сотка мы устанавливали
N5M117777, а не 7777 как в книге. При 7777 1 щелчок у нас получался = 1 микрон

Для соответствия шага резьбы параметр N6M устанавливали 31463, а не 31000

Вот и вся методичка по параметрам.
Удачи