По поводу МПУ с приводом размер 2м 21 могу сказать следующее:
Редуктор не виноват, виноват сам привод. Передаточное отношение 1:1 не может приводить к тем результатам о котрых Вы говорите. Задача данного редуктора была опустить двигатель ниже оси ШВП без изменения передаточного отношения.

Непонятный коэффициент 1,2. Вы же сами пишите: "При проточке ~20мм по Z (по индикатору) получается размер ~25мм", а это коэффициент 1,25. Если все-же 1,25 то скорее всего у Вас именно озвученный выше вариант: Размер 2м (без 11) из сигнала ВТМ делает 1000 импульсов на оборот, на практике не сталкивался, но слышал, что есть возможность включить на платах оцифровки привода умножение на 2 и получить 2000 импульсов на оборот, что у Вас скорее всего и включено. МС2109, как уже тоже говорили, воспринимает только 2500 импульсов на оборот и параметрами это корректно не изменить. Исходя из этого варианты:

- установить датчики типа ВЕ178А, ВЕ178А5, А58В, ЛИР и т.п. на 2500 импульсов на ось ШВП. Подключить к питанию и напрямую к КИП МПУ. Старые кабели от привода к КИП отключить.

- установить не МПУ МС2109, а МПУ НЦ31 48/32 и модуль автоматики М16АК20. В данном случае нужно переделывать распайку кабелей, переключить привод на эмуляцию 1000 импульсов на оборот и прописать соответствующие параметры и инициализацию.

- применить "самый кардинальный способ решения" предложенный изготовителем, но это чревато длительным сроком ввода станка в эксплуатацию.

Модернизируя такой станок я бы изначально его делал используя вариант МПУ НЦ31 + М16АК20 и установкой эмуляции на 1000 импульсов, как уже обкатанный и проверенный.

P.S. Если у Вас коэффициент все-же 1,2 то это опять же привод, скорее всего запитка датчиков. Но в Вашем случае исправление этой проблемы все равно не решит основную задачу.