Если теряет привязку только по одной оси, то возможно в момент выключения ось еще движется, а УЧПУ ее уже не контролирует, т.к определило пропадание сети и сняло готовность УЧПУ.
Какой режим сохранения ОЗУ у Вас выбран? От него зависит каким образом МПУ НЦ31 определяет момент выключения.
В паспорте на НЦ 31 описан алгоритм выключения станка : выключите привода, потом выключите УЧПУ.