Здравствуйте.

При запуске программы появляется окошко с выбором интерфейса связи. Для подключения по USB необходимо выбрать первый или второй вариант в зависимости от версии платы. Тоже самое можно сделать из рабочего окна "Конфигуратора". В правой панели есть группа выбора "Тип интерфейса".
Проверьте, правильно ли вы делаете?