Спасибо, дело действительно оказалось в рассогласовании. Оно в основном держалось в пределах +/-2, но периодически взлетало до 8 и станок ждал, когда оно войдет в допуск. Иногда возвращалось в норму за пару секунд, а иногда оставалось таким до перезагрузки.  Приводы и датчики вроде в порядке, так что мы просто расширили станку допуск до N0M=10, больше 8 рассогласование все равно не уходит, а точности в 0,01 мм нам вполне хватает.