Прошивать модуль заново не надо, т.к обновление для М16АК20 не требуется.
В режиме диагностики (без компьютера) М16АК20 последовательно переключает выходы, можете просмотреть их осцилографом и проверить их работоспособность.
Обе платы поломались на одном станке? Необходимо устранить причину возникновения поломки. Скорее всего выгорели оптопары входов или выходов. Визуально они целые? Дорожки на плате нормальные?
USB используется только для диагностики платы отключеной от станка, т.к это не промышленый, не гальваноразвязаный интерфейс и могут быть проблемы при объединении земель компьютера и станка.
Вы из какого города?
Можете отправить платы к нам или произвести ремонт самостоятельно на Ваш выбор.