Описаная Вами неисправность похожа на проблемы датчика или его муфты.
  Для проверки надо обновить программное обеспечение МПУ НЦ31 и перейти в режим диагности датчика. Далее проверните шпиндель на 1 полный оборот влево и посмотрите показания. Должно быть удвоеное количество импульсов/оборот. Проверните шпиндель влево на 1 полный оборот. Показания должны вернуться в ноль. Проверьте как выставлены перемычки выбирающие тип датчика, выставьте ток на светодиоды датчика 90мА.

  Для проверки работоспособности КП перейдите в режим диагностики ЦАП и осцилографом проверьте наличие пилообразного напряжения на выходах. Т.к оси работают, то проблема с микросхемой ЦАП крайне маловероятна (таких случаев еще не было). 
Для более быстрого устранения неисправности давайте номер телефона Вашего электронщика, созвонимся, объясним ему вживую.