Сложно советовать про чужое устройство, схемы которого не знаешь. Необходимо больше информации
1. Какой датчик используете? датчик меняли на новый или на новый б/у?
2. Проводка от датчика от станка нормальная?  пробоев и заливов маслом нет? разъемы меняли?
3. Чем организовано питание датчика? Если датчик старый то выставлен ли ток 90 мА на его светодиоды?
4. Как проложены кабели от датчика? попробуйте заземлить его экран, замените кабель на новый, специально предназначеный для датчиков.
5. Какие входные оптопары на плате используются? Можно попробовать поднять ток срабатывания оптопар, будет  выше помехозащищенность. Либо уменьшить ток, если оптопара в режиме насыщения. Необходимо знать номинал резистора на оптопаре.
6. Нет ли связи сбоев в работе в соседним работающим оборудованием?
7. Если ли возможность снять осцилограммы датчика записывающим осцилографом? может есть двоение фронтов?

Для проверки работоспособности станка не обязательно портить заготовки. Просто закрепите индикаторную головку на магнитном держателе и напишите программу съезда-наезда  на индикатор с  отводом милиметров на 100. Должно несколько часов ездить с точность не менее 1 сотки.

В нашем МПУ МС2109 есть выбор типа датчика  на 5 и 15 В. Если ли такая же функция в МС2109-10? Если датчик новый, то они обычно на 5 В, а схема обычно расчитана на стандартные 15В датчики. Возможно достаточно уменьшить сопротивление резисторов стоящих последовательно со светодиодами оптопар.