Я такой станок как у Вас не модернизировал, поэтому немного не вкурсе как в нем реализован блок автоматики, а он в разных станках реализован либо платой, либо блоком реле, но суть от этого не меняется. Если нет желания восстанавливать старую плату подберите подходящий ПЛК и по "родной" схеме платы автоматики воссоздайте алгоритм работы.

МС2109 по моим данным видит 8 инструментов и этого не изменить. Так решили разработчики МС2109, ограничения видно были по возможному количеству входов-выходов, поскольку автоматика станка в МС2109 обрабатывалась железом и ПО МС2109, т.е. внутри ЧПУ, а НЦ31 сама автоматику станка не обрабатывала,
она по шине данных выбрасывала наружу коды М команды и Т команды и дальше ждала подтверждения выполнения, поэтому ей всеравно выдавать 8 инструмент или 25, дальше уже работала плата или блок реле автоматики на которой реализовывалась обработка стольки инструментов, сколько необходимо было для конкретного станка. Поэтому если применить МПУ НЦ31 с 4 расширенной версией и восстановить плату автоматики
или смоделировать ее с помощью ПЛК то Вы получите нужное Вам решение, правда восстанавливать "родную" автоматику имеет смысл только в том случае если "родная" плата или блок реле автоматики работал с 12 позиционной резцедержкой, в противном случае прийдется дорабатывать "старую" плату и встанет вопрос целесообразности такой доработки старого железа, более верным решением будет ПЛК, с описанием основного алгоритма взятого из схемы платы автоматики и добавлением дополнительных 4-ех позиций.