Ток на датчики выставляется 90мА
Направление датчиков, если станок работает, задано верно. Направление можно изменить (но не нужно) поменяв местами сигналы основной и смещенный.
Просмотрите осцилографом сигнал ноль-метки, основной, смещенный от датчка шпинделя, они могут быть нестабильными.
Еще раз проверьте муфты.
Чаще всего такие проблемы решаются заменой датчика или муфты на новые.
Возможно установлен неправильный датчик на шпинделе (не верное количество импульсов). Встречались датчики, надписи на которых не соответствовали реальному количеству импульсов на оборот.
Проверьте правильность установки перемычек, выбирающих напряжение питания датчика (5,15 В) на МПУ НЦ31
Станки 16К20Т1С1 были на разных версиях математики (2,3,4). Уточните какая версия была на Вашем станке ранее.