Если кому-либо это интересно, то проблемы были в следующем:

1. Сигнал "Стоп шпинделя" отсутствовал из-за того, что на пускателе КМ2 была установлена дополнительная головка с контактами 2 замыкающих + 2 размыкающих, а нужна была на 4 замыкающих.

2. Привод подач отключался через 1,5-2 минуты из-за пропадания сигнала Гот.ЧПУ на контактах реле КV6 (два последовательно стоящих реле РЭС-10). Замена этой цепочки на современное реле решила и эту проблему.

А на старой плате оба эти сигнала были просто заблокированы.