В программе mpuNC31.exe на закладке "КИП/БОС" отображается содержимое регистра КИП0 в
двоичном виде и в виде восьмеричного слова. Счетчики КИП1-КИП4 устроены так, что после вычитывания из них данных, они автомтически обнуляются. При работе математического обеспечения "НЦ-31" или "МС-2109" вычитывание счетчиков КИП происходит постоянно, т.к. система следит за положением осей. Поэтому в программе на закладке "КИП/БОС" вы и видите нули. Чтобы увидеть счет, необходимо остановить работу математики, нажав кнопку "Остановить УЧПУ". Обязательно необходимо выключить привода. Если вы вручную повращаете оси, то увидете счет по каналам КИП.

По поводу МС2109:
Схема станка 16А20Ф3С43 с МС2109 : http://www.elmic.ru/files/16A20F3C43.djvu
Схема УЧПУ МС2109 : http://www.elmic.ru/files/MC2109.djvu
Параметры УЧПУ МС2109 : http://www.elmic.ru/files/param_mc2109.doc